Die historische Laichinger Tiefenhöhle entstand, als ein Sandgräber namens Johann Georg Mack 1892 im Dolomit Sand abbaute. Paul Kienzle vermaß die Höhle kurz darauf und die zahlreichen Schächte wurden mithilfe selbstgebauter Holzleitern leicht zugänglich gemacht. 1906 konnte man bei der Expedition des Leiters Kaulfuß den tiefsten Punkt von 80 Metern entdecken und in den 1930er Jahren wurde die Höhle elektrisch beleuchtet und zur Schauhöhle ausgebaut. Seit 1975 gibt es einen künstlich gebauten Ausgangsschacht, sodass die Höhle nun über zwei Ausgänge verlassen werden kann.
Die Laichinger Tiefenhöhle besteht in ihrem Hauptteil aus Massenkalk, einem massiven, ungeschichteten Kalkstein, der als Riff gebildet wurde. An vielen Orten sind die Schwämme sichtbar, welche das Riff aufgebaut haben. Trotz des Fehlens von Tropfsteinen ist die Höhle geologisch interessant, z.B. aufgrund von Wasserstandsmarken, Lösungskolken und Karren. Man findet auch größere Mengen an Perlsinter. Die Höhle hat eine Länge von etwa 1300 Metern und eine maximale Tiefe von circa 80 Metern. Der Weg durch die Höhle misst 350 Meter und führt bis in eine Tiefe von 55 Metern.
Es wurde mithilfe von Färbeversuchen bewiesen, dass die Laichinger Tiefenhöhle im Einzugsgebiet des Blautopfs ist. Die Fließdauer betrug 36 Stunden auf 15 Kilometer Luftlinie. Diese kurze Zeit entspricht einer hohen Fließgeschwindigkeit und bedeutet eine Verbindung durch tieferliegende Stockwerke. Das Wasser fliesst unter der Erdoberfläche, etwa 180 Meter über dem Karstwasserpegel und die andere Seite des Höhlensystems ist die Blautopfhöhle. Dort wurden mehrere Erfolge in Forschungsarbeiten im Jahr 2007 verzeichnet. Der Hauptgang deutet grob in Richtung Laichingen. Wenn es eine Höhle bis nach Laichingen gibt, ist die Blautopfhöhle mit mehr als 15 Kilometern eines der längsten Höhlensysteme Deutschlands. Aufgrund dieser Motivation wurde eine gezielte Suche nach anderen Möglichkeiten, um tiefer in die Stockwerke der Blaubeurer Alb Höhlen zu gelangen, durchgeführt: Tiefenhöhle, Fabrikschacht und RÜB-Schacht, aber bisher ohne Erfolg.
Um die Tiefenhöhle zu besuchen, ist zweckmäßige Kleidung, vor allem gute Schuhe, unerlässlich, da man mehrere steile Eisentreppen hinabsteigen muss. Eine warme Jacke wird unbedingt empfohlen, da die Temperatur in der Höhle das ganze Jahr über 8 °C beträgt. Wenn man nur mit sommerlicher Kleidung ausgestattet ist, kann es schnell unangenehm kalt werden. Am Eingang erhalten die Besucher Gamaschen, um ihre Hosenbeine vor dem Höhlenlehm zu schützen.
