Die Wendelsteinhöhle ist eine natürliche Karsthöhle in der oberbayerischen Gemeinde Brannenburg im Landkreis Rosenheim in Bayern. Sie befindet sich direkt beim Bergbahnhof der Wendelstein-Zahnradbahn im Wendelsteinmassiv und ist 1.711 Meter über dem Meeresspiegel gelegen – damit ist sie die höchstgelegene Schauhöhle in Deutschland. Die Höhle ist als Karsthöhle in dem massiven, durch Gebirgsbildung stark zerklüfteten Wettersteinkalk entstanden und hat eine Gesamtlänge von 523 Metern. Von dieser Länge werden jedoch nur 170 Meter bei Führungen begangen.
Im Jahr 1864 wurde die Wendelsteinhöhle von einem Einwohner von Bayrischzell ausfindig gemacht. Im Herbst 1882 wurde die erste fachkundige Untersuchung durchgeführt. 1921 wurde die Höhle für Touristen zugänglich gemacht und mit elektrischem Licht ausgestattet. Die Pfade und Stege und auch die Beleuchtung wurden nach dem Zweiten Weltkrieg wiederhergestellt. 1962 wurde ein Zugangsstollen, der nicht durch Steinschlag gefährdet ist, hinzugefügt. Im Jahr 2010 wurde die Schauhöhle grundlegend renoviert. Im Rahmen des von der EU finanzierten Projekts „Inntaler Unterwelten“ wurde eine Vereinigung von vier Höhlenobjekten geschaffen. Die Leuchtdioden wurden vollständig ersetzt. Wege, Treppen und das Podest am natürlichen Eingang wurden repariert oder erneuert. In der Höhle wurden vier Displays installiert, die Informationen zu vier Themen: Psychologie, Biologie, Geologie und Philosophie bereitstellen. Die Höhle ist ohne Führung erkundbar.
Der Eingang zur Wendelsteinhöhle, der genau nach Osten ausgerichtet ist, ist im Sommer häufig mit Altschnee bedeckt. Die Gänge winden sich mal breiter, mal enger in den Berg hinein und enden für den Besucher im Dom. Im hinteren Teil der Höhle, wo sich die kalte Luft sammelt, herrscht eine durchschnittliche Temperatur von drei Grad Celsius. Die Höhle hat unbedeutende Sinterbildungen und weist schöne Klammprofile auf.
Der Zugangsstollen in die selbständig begehbare Wendelsteinhöhle liegt direkt hinter dem Bergbahnhof der Zahnradbahn (Gehzeit ab Bergstation ca. 4 Min., beschildert). Über 82 Stufen gelangt man zunächst in die Tiefe. Im Zickzack geht es durch die Gesteinskluft nach etwa 200 m zum imposanten „Dom“; in der anderen Richtung – nach ca. 30 m – erreicht man den natürlichen Höhlen-Eingang und die sog. Kältefalle, wo auch im Hochsommer noch Schnee liegt.
